В юрисдикции мусульманских и коптских религиозных судов находятся все вопросы гражданского состояния: брачно-семейные и наследственные отношения. Каирская мечеть аль-Азхар, построенная в 970–972, является важнейшим интеллектуальным и духовным исламским центром. Государство оказывает материальную поддержку всем мечетям на территории Египта.

Традиционно отношения между мусульманским большинством страны, египетскими коптами и евреями отличались дружелюбием и терпимостью. Так, например, многие мусульмане отмечали коптские праздники и наоборот. После поражения Египта в войне с Израилем в 1967 существенно укрепилось социальное и политическое значение ислама. В каждом округе была создана сеть самостоятельных мечетей, которые взяли на себя заботу о религиозном обучении, медицинском обслуживании, опеке учащихся всех учебных заведений и по ряду других вопросов. Сеть подобных мечетей и группы происламски настроенных студентов университетов составили социальную базу исламской оппозиции.

Участились случаи межобщинных конфликтов и столкновений, особенно в южных районах, где с начала 1990-х годов радикальные исламистские группы развернули вооруженную борьбу с правительством. Поскольку цель воинствующих исламистов заключается в том, чтобы превратить Египет в мусульманское государство, жертвами боевиков зачастую становятся египтяне-копты.